Jaguariúna originou-se de terras da Fazenda Florianópolis, de propriedade do coronel Amâncio Bueno que as dividiu, parcialmente, para formar uma colônia de imigrantes italianos e portugueses, que ficou conhecida pelo nome de Vila Bueno. Em 1889, por iniciativa do coronel, teve início a construção de uma igreja, que viria a se tornar a Paróquia Santa Maria, padroeira do local.
A expansão das lavouras de café demandou a construção de uma estação da Companhia Mogiana de Estradas de Ferro, que, por estar situada na margem do Rio Jaguari, recebeu o mesmo nome. Em 5 de agosto de 1896, foi criado o distrito em terras do município de Mogi Mirim. Passou a se chamar Jaguariúna (em tupi, ‘rio das onças pretas’), em 30 de novembro de 1944, adquirindo autonomia político-administrativa em 30 de dezembro de 1953.
Gestão Cultural e Patrimônio
O órgão responsável pela gestão cultural em Jaguariúna é a Secretaria de Turismo e Cultura. Entre os bens de interesse turístico-cultural do município, destacam-se a Igreja Santa Maria, construída em 1895, e o complexo arquitetônico da estação, onde se encontram a antiga estação da Estrada de Ferro Mogiana, de 1947, e uma Maria Fumaça, do início do século XX.